Wenn die Ebene im Ebenendialog fett gedruckt ist, machst du da ein Rechtsklick drauf und fügst einen Alphakanal hinzu. Wenn du dann etwas markierst und Entf auf der Tastatur drückst, wird die Auswahl transparent.
Die Fläche/Ebene hat einen Alphakanal und das was jetzt schwarz ist ist auch transparent in GIMP. Wenn man die Grafik anklickt und in Originalgröße anschaut ist das schwarze auch plötzlich weiß.