Naja... ich schätze die Antwort lautet: Gar nicht.
Pak-Dateien sind kein Freiwild, die du einfach zusammenwürfeln und als Sammlung neu veröffentlichen darfst - zumindest nicht immer. Unterschiedliche Paks haben da unterschiedliche Lizenzen - manche erlauben das, manche nicht. Manche haben gar keine Lizenzen, weil der Ersteller nie was festgelegt hat. Auch von denen sollte man die Finger lassen.
Dann gibt es auch ein paar Spezialfälle - Elemente, die unter Artistic Licence stehen, müssen auch unter Artistic Licence weitergegeben werden. Das geht aber nicht, wenn da zB. ein anderes Pak unter CC-BY-SA steht, denn das müsste unter CC-BY-SA weitergegeben werden - also entweder nicht in die gleiche Sammlung, oder die Sammlung muss jedes Element auflisten und die entsprechende Lizenz nennen. (Anm: Vereinfachte Darstellung)
Meistens ist es so, dass diejenigen Elemente, welche du weiterverarbeiten darfst, auch als Source aufliegen (oder zumindest leicht erfragbar sind) - dann braucht man die gleichen Daten natürlich nicht aus dem Pak auslesen, sondern kann alles direkt anschaun.
Naja, und so ergibt es sich, dass Pak-Dateien ein Mysterium bleiben sollen - böse ausgedrückt: Wenn du nicht an die Sourcen kommst, dann geht dich auch nicht an, was im Pak ist
So ergibt es sich auch, dass wohl kaum jemand Erfahrung damit hat, fertige Paks Dritter zusammenzutragen und in irgendeiner Art und Weise gemeinsam zu veröffentlichen, so dass deine Frage zumindest in der Formulierung nicht auf fruchtbaren Boden fällt.
Selbst, wenn ich was zusammensammeln würde, gäbe es übrigens keine "Sortierung" - Da ohnehin alles im Hauptverzeichnis der Addons sein muss, würde ich keine Unterordner anlegen, und die Namen zu ändern wäre auch doof, da es dadurch leichter zu Dupletten käme, die keiner will oder braucht.